Ford Mustang 1966 г. получил решётку радиатора с горизонтальными линиями, боковые воздухозаборники другой формы и ещё несколько изменений во внешней отделке. Двигатели остались те же, что и в прошлом году. В стандартное оборудование вошли радиоприёмник диапазона AM/FM, солнцезащитные козырьки и круглые датчики на приборной панели. Весной была представлена ограниченная серия 6-цилиндровых Мустангов под названием Sprint 200. Цены выросли до $2416 за купе, $2653 за кабриолет и $2607 за фастбэк. Продажи достигли высшей точки - 607568 единиц. В этом году компания решила выпустить Ford Mustang на европейском рынке как автомобиль класса Gran Turismo, но столкнулось с проблемой: в Германии название Mustang уже было зарегистрировано другой фирмой. Вместо того, чтобы купить права за $10000, американцы до 1979 г. продавали модель в Германии как Ford Т-5. 

Идея сделать из Мустанга трёхдверный универсал пришла в голову Барни Кларку, главе рекламного агентства J. Walter Thompson. За разработкой дизайна он обратился к Роберту Камерфорду, а изготовление кузова заказал итальянской фирме Intermeccanica. Основой послужило серийное купе 1965 г. с мотором V8 289 и автоматической коробкой передач. Поместив автомобиль на обложку журнала Car and Driver, Кларк надеялся не только повысить продажи Mustang, но и убедить руководство Ford Motor Company включить универсал в заводской каталог. Но главный дизайнер Ford Юджин Бординат был возмущён, что проект реализовали без его ведома, и не захотел запускать его в производство.