Разработка нового Mini началась в 1994 г., когда британский концерн Rover Group перешёл под контроль компании BMW. Последняя давно планировала запустить компактную модель, но не хотела продавать её под престижным брендом BMW. В то же время Rover Group получила возможность наконец-то заменить устаревшую малолитражку чем-то более современным и прибыльным. Однако руководство Rover стремилось сделать преемника Mini максимально дешёвым и экономичным, а BMW представляла его как небольшой высокотехнологичный спортивный автомобиль. В конце концов BMW избавилась от Rover Group в 2000 г. и вскоре представила концепт Mini Cooper на Парижском автосалоне.

Современный Mini сохранил в себе некоторые черты классического аналога, но перестал быть собственно мини-каром: при длине 3.6 м он почти на 600 мм превосходит оригинальный Mini 1959 г. Над дизайном трёхдверного кузова хэтчбэк работал Фрэнк Стефенсон, совмещая традиционные детали с нынешними требованиями комфорта и безопасности. Конструкция Mini создавалась с нуля, но повторяла прежнюю концепцию переднего привода и поперечно расположенного двигателя.

В 2001 г. Mini поступил в продажу в четырёх вариантах: One (базовый), One D (дизельный), Cooper и Cooper S. Внешне их можно было отличить по форме выхлопных труб и наличии воздухозаборника на капоте у Cooper S. Все модификации оснащались бензиновым 1.6-литровым 4-цилиндровым мотором Tritec, за исключением One D с 1.4-литровым дизельным двигателем Toyota. Сначала на Mini устанавливалась 5-ступенчатая механическая коробка передач Midlands или вариатор ZF VT1F, а с 2005 г. им на смену пришли 6-ступенчатая механическая Getrag и 6-ступенчатая автоматическая Aisin F21 с подрулевыми переключателями. Мощность силового агрегата составляла 89 л.с. в базовой версии, 114 л.с. для Mini Cooper и 161 л.с. с нагнетателем для Cooper S.

Второе поколение нового Mini выпускалось в 2006-2014 гг. С целью улучшения безопасности все панели кузова были изменены, но это не отразилось на общем дизайне. Если раньше передние фары поднимались вместе с капотом, то теперь для них предусмотрены круглые отверстия в крышке. За счёт добавления 60 мм длины увеличилось багажное отделение и пространство для ног задних пассажиров. В салоне прежде всего обращали на себя внимание огромный круглый спидометр на центральной консоли и кнопка запуска двигателя.

В 2006-2014 гг. Mini был доступен в модификациях Cooper и Cooper S, но с некоторыми усовершенствованиями. Стандартный для Cooper бензиновый 1.6-литровый двигатель был доработан фирмой Prince и оборудован системой изменения фаз газораспределения Valvetronic от BMW, а его мощность повысилась до 121 л.с. Силовой агрегат Cooper S остался без изменений, но его нагнетатель был заменён турбонаддувом, обеспечивающим мощность 172 л.с. В 2011 г. появился Mini Cooper SD с 2-литровым турбодизельным мотором, который выдавал 145 л.с. С 2008 г. на всех вариантах Mini используется инновационная технология экономии топлива Efficient Dynamics. Она состоит из устройства старт-стоп, отключающего двигатель на время остановки, и системы рекуперации энергии торможения, позволяющей снова запустить мотор при нажатии педали сцепления.

В стандартную комплектацию Mini Cooper 2006-2014 гг. входили дисковые тормоза на всех колёсах с ABS, система устойчивости в поворотах CBC, электромеханический усилитель руля, динамический контроль устойчивости DSC с функцией Hill Assist, предотвращающей скатывание автомобиля назад при старте на наклонной поверхности, контроль тяги ASC, а также режим "Sport", регулирующий поведение рулевого управления, коробки передач и обороты двигателя. 

Компания John Cooper Works, основанная в 2000 г. Майклом Купером (сыном Джона Купера), занимается тюнингом серийных моделей Mini. В 2006 г. она выпустила облегчённую спортивную версию Mini John Cooper Works GP в количестве 2000 экземпляров. В 2008 г. был представлен гоночный Mini John Cooper Works Challenge, разработанный совместно фирмой JCW и отделом BMW Motorsport из Мюнхена. Наконец, в 2009 г. началось серийное производство Mini John Cooper Works - топовой модификации Mini с наивысшим уровнем производительности среди автомобилей такого класса. Она была доступна как с кузовом хэтчбэк, так и в виде кабриолета.

Mini John Cooper Works 2009-2014 гг. оснащался 1.6-литровым 4-цилиндровым двигателем с турбонаддувом мощностью 208 л.с., который обеспечивал максимальную скорость свыше 235 км/ч и разгон с 0 до 97 км/ч за 6.2 с. Внешне автомобиль отличался от стандартного Cooper S аэродинамическими обвесами, увеличенным воздухозаборником в переднем бампере и особым цветовым оформлением. На модификацию были установлены усиленная подвеска, большие дисковые тормоза с красными суппортами Brembo и уникальные 17-дюймовые диски с низкопрофильными шинами. В список оснащения входили системы ABS, DSC, CBC, электронное распределение тормозного усилия (EBD), электронная блокировка дифференциала (EDLC) и динамический контроль тяги (DTC), а также чёрная глянцевая отделка интерьера, спортивные сиденья и кондиционер.